De bouw van een woning of een bepaalde structurele ingreep kan de toestand van het watersysteem veranderen. Daarom moet een overheid (meestal een gemeentebestuur) voor het toekennen van een vergunning met een watertoets nagaan of de geplande werken schade toebrengen aan het watersysteem.

Zo kan bijvoorbeeld regenwater niet langer in de bodem dringen, wordt afvalwater geproduceerd of verhogen mensen soms een terrein om zichzelf te beschermen tegen wateroverlast waardoor het overstromingswater elders schade aanricht.

Als de schade te groot is, kan de vergunning geweigerd worden. In sommige gevallen kan de overheid ook extra vergunningsvoorwaarden opleggen.